手淫过度通常不会造成阴茎短小，如果患者长期手淫过度，有可能会导致患者阴茎无法完全勃起，出现阴茎看起来短小的情况，具体分析原因如下：
如果患者是一段时间内手淫过度，会造成生殖器负担，导致生殖器功能紊乱，使患者短期内勃起功能受到抑制，无法正常勃起，但是不会对患者阴茎长短、大小造成影响。在一段时间之后，生殖器功能会恢复至正常勃起，因此，不会造成阴茎短小。
如果患者长期手淫过度，会导致生殖器长期受到负担，有可能会造成阴茎无法完全勃起的情况，使阴茎看起来短小。还有可能会造成中枢神经长期处于兴奋状态的情况，导致神经疲劳，造成性功能减退，阴茎无法正常勃起的情况，也会导致患者阴茎视觉上短小。但阴茎只是无法完全勃起，不是实质性的变短小。
在日常生活中，应避免手淫过度，以免危害身体健康。