1、擂辣椒皮蛋不可大量食用，否则会引起神经系统损伤，消化道溃疡，甚至会引起细胞生化反应混乱而演变成肿瘤。同时，患有食道炎、喉咙炎、牙痛、痔疮、肺结核、高血压者少吃为宜。
2、若过多食用擂辣椒皮蛋，会剧烈刺激胃肠黏膜，引起胃痛、腹泻并使肛门烧灼刺疼，诱发胃肠疾病，促使痔疮出血。
3、皮蛋含铅量高，经常食用会造成重金属铅在人体中的积存，影响健康，因此擂辣椒皮蛋少吃为宜。
4、皮蛋在腌制、运输、销售、存放过程中，极易受到各种细菌的污染，特别是沙门氏杆菌的污染。该细菌随皮蛋进入人体后，会在肠结膜上引发炎症，菌体裂变后会产生毒性很强的内毒素，致使食用者出现中毒症状。因此，制作擂辣椒皮蛋时，应选用新鲜、无破损、无异味的皮蛋。