吃金针菇的时候注意，金针菇是不能生吃的，而且金针菇比较难消化，消化能力不好的人最好少吃。而且烤金针菇始终有点上火，经常便秘的人应该要少吃。
现在有些媒体说新鲜金针菇有毒，可能是把金针菜错当成金针菇了，而金针菜其实是黄花菜，新鲜的金针菜的确是含有有毒的秋水仙碱，一定要晒干后才能食用。金针菇与金针菜是两种食物，前者来自菌类，后者来自植物。
但是，其实金针菇也不是人人皆宜。一般人群均可食用，适合气血不足、营养不良的老人、儿童、癌症患者、肝脏病及胃、肠道溃疡、心脑血管疾病患者食用。
但是传统医学认为，金针菇性寒，脾胃虚寒、慢性腹泻的人应少吃；关节炎、红斑狼疮患者也要慎食，以免加重病情。