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发热惊厥的原因大致可以分成两类：按病变部位分为颅内惊厥和颅外惊厥两类。
1、颅内疾病：病毒感染（例如病毒性脑炎和乙型脑炎）、细菌感染（例如化脓性脑膜炎和结核性脑膜炎）、脑脓肿和静脉窦血栓形成、霉菌感染（如新型隐球菌脑膜炎）等等。寄生虫感染如脑囊虫病、脑型疟疾、脑型血吸虫病、脑型肺吸虫病、弓形虫病。
2、颅外疾病：高热惊厥、中毒性脑病（重症肺炎、百日咳、中毒性痢疾、败血症为原发病），破伤风等。
