一般情况下，巧克力囊肿患者可遵医嘱服用非甾体类抗炎药、激素类药物、中成药。如果药物治疗效果不佳，应及时就医治疗。具体情况如下：
1.非甾体类抗炎药：常见的非甾体类抗炎药有布洛芬缓释胶囊、吲哚美辛、对乙酰氨基酚片等，患者可遵医嘱服用此类药物，可起到消炎、镇痛的作用。
2.激素类药物：激素类药物常见的有醋酸甲羟孕酮片、炔诺酮片、米非司酮片等，患者可遵医嘱服用此类药物，可通过改善体内激素水平的方式来控制病情。
3.中成药：巧克力囊肿患者还可遵医嘱服用中成药来缓解相关症状，如金刚藤颗粒、散结镇痛胶囊、桂枝茯苓丸等，此类药物具有清热祛湿、消瘀散结等功效，对巧克力囊肿有较好的治疗效果。
除以上常见的药物外，还有其他药物可以服用，例如中药材芥菜籽、夏枯草，也有一定的治疗效果。如果伴有其他不适症状，建议及时就医治疗。