丙型肝炎通常被称为沉默的疾病。由于肝脏的巨大代偿能力，大多数人在感染丙型肝炎病毒后没有任何症状，只有在偶然体验时才会发现，或者多年后出现不适症状时才会发现。
感染丙肝病毒后1～3周，在外周血可检测到HCV RNA。3个月后约90%的患者抵抗HCV阳转。丙型肝炎病毒血症持续6个月未清除的人是慢性感染，丙型肝炎的慢性化率达到85%左右。感染20年后，中年人肝硬化发生率为20%~30%的乙型肝炎病毒感染、嗜酒(50g/d以上)、非酒精性脂肪肝、肝高速铁路载重量、吸虫感染、肝毒性药物和环境污染引起的有毒物质等也促进了疾病的发展。
发展为肝硬化后，10年的生存率约为80%，如果出现失去代价，10年的生存率仅为25%。肝细胞癌的年发生率为1%~7%。